Lembaga KMI di Pondok Pesantren Darul Falah terdiri dari Mts (Madrasah Tsanawiyah), MA (Madrasah Aliyah) dan SMK . KMI berdiri pada tahun 2006 dengan pendidkan Madrasah Tsanawiyah (Mts) dan Madrasah Aliyah (Ma). Pada awal berdiri KMI, santri diperbolehkan berangkat dari rumah masing-masing (laju) namun mulai tahun ajaran 2013/2014 santri wajib mukim di pondok. Tahun 2013 dengan perkembangan IPTEK yang semakin maju, maka kami mendirikan Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) yang berbasis Pondok Pesantren dengan program studi Teknik Komputer dan Jaringan. Santri SMK, mereka tidak diwajibkan mukim di Pondok.
Kulliyatul Mu’allimin al-Islamiyyah(KMI) adalah Sekolah Pendidikan Guru Islam, hampir sama dengan Sekolah Noormal Islam, di Padang Panjang; di mana Pak Zarkasyi pernah belajar dan menjabat Direktur pada Sekolah semodel itu. Model ini kemudian dipadukan ke dalam sistem pendidikan pondok pesantren. Pelajaran agama, seperti yang diajarkan di beberapa pesantren pada umumnya, diberikan di kelas-kelas. Tetapi pada saat yang sama para santri tinggal di dalam asrama dengan mempertahankan suasana dan jiwa kehidupan pesantren. Proses pendidikan berlangsung selama 24 jam, sehingga “segala yang dilihat, didengar, dan diperhatikan santri di Pondok ini adalah untuk pendidikan.” Pelajaran agama dan umum diberikan secara seimbang dalam jangka 6 tahun. Pendidikan ketrampilan, kesenian, olahraga, organisasi, dan lain-lain merupakan bagian dari kegiatan kehidupan santri di Pondok.*
KMI mempunyai program unggulan tahfidzul qur’an yaitu program tahassus penghafal al-Qur’an dan tafaqquh fiddin yaitu program tahassus pendalaman kitab kuning.